Bioinformatics Webinar Series #1 2021

Monday, 03 May 2021 02:52

KEGIATAN BIOINFORMSTICS WEBINAR SERIES #1 2021

Pada hari Kamis (29/4), Perhimpunan Peneliti Bahan Alami (Perhipba) bekerjasama dengan Working Group (WG) Bioinformatika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), Institut Pertanian Bogor (IPB), Departemen Ilmu Komputer FMIPA IPB, dan Pusat Unggulan Iptek (PUI-PT) Pusat Studi Biofarmaka Tropika (TropBRC) LPPM IPB mengadakan Bioinformatics Webinar Series #1 dengan Tema “Precision Medicine for Cancer”. Kegiatan ini juga dimuat dalam artikel IPB Today disini.

Webinar ini berlangsung selama dua jam dimulai dari pukul 09.00-11.00 WIB, dimulai dengan pembukaan oleh Dr. Wisnu Ananta Kusuma, MT., dari Departemen Ilmu Komputer FMIPA IPB dan merupakan koordinator WG Bioinformatika FMIPA IPB, dilanjutkan dengan sambutan oleh Dekan FMIPA IPB, Dr. Berry Juliandi, M.Si.

Pak Berry menyatakan bahwa bioinformatika tidak perlu diragukan lagi, karena data yg berasal dari ilmu makhluk hidup (biologi) sudah menjadi core keilmuan di IPB dan menjadi keilmuan yg lebih luas dan lintas ilmu , BioScience, yang melakukan pendekatan lintas ilmu (analisis kimia) untuk kajian metabolomik juga menambah banyaknya data yg dihasilkan, sehingga dapat disebut sebagai “big data”. Bioinformatika menganalisis secara sistematis dari data tersebut sehingga bermakna dan memiliki manfaat. Salah satu challenges pada masyarakat kita merupakan penyakit, seperti kanker, yang pengobatannya sering bermasalah karena pengobatan yang dibuat harus presisi, atau personalized, karena tiap kasus berbeda.

Ahmad Rusdan Handoyo Utomo PhD, dosen pascasarjana Program Biomedik Universitas Yarsi, Jakarta, menyampaikan materi mengenai "Cancer Precision Medicine, Prospects and Pitfalls". Beberapa contoh mengenai penyakit kanker yang dijelaskan, antara lain kanker serviks, kanker payudara, yang umum ditemukan pada wanita. Salah satu hal yang mempengaruhi kemungkinan kanker ini adalah lifestyle, tapi perlu juga dilakukan screening sebagai prevensi.

Selain itu, dengan banyaknya data, dapat dilakukan analisis dan prevensi yang lebih baik. Beliau juga menjelaskan kasus pada kanker paru yang sudah pernah diteliti dengan precision medicine. Salah satu masalah pada penelitian precision medicine di Indonesia, antara lain data yang kurang lengkap dan terapi yang harganya mahal. Sebagai ringkasan, Pak Ahmad menyatakan, precision medicine dapat meningkatkan kualitas hidup, namun belum bisa menjawab untuk semua kasus. Kolaborasi juga dibutuhkan sebagai tahapan prevensi.

Materi kedua dengan topik "Network-based Omics Data Integration for Precision Medicine in Cancer" dijelaskan oleh Dr. Mushthofa, S.Kom, M.Sc, dari Departemen Ilmu Komputer FMIPA IPB dan WG Bioinformatika FMIPA IPB. Pak Musthofa memulai materi dengan menjelaskan sifat-sifat sel kanker dan bagaimana sel kanker terbentuk.

Penyakit kanker terhubung dalam sebuah jaringan pathway, dikaitkan dengan precision medicine, kanker dengan tiap profil penderita yang berbeda memiliki jenis mutasi yang mungkin berbeda juga sehingga perlu pengobatan yang berbeda. Data omics terkait dengan kanker dapat dikaitkan dengan jaringan yang berasal dari data biologis, yang meskipun tiap gen berbeda, tetapi berhubungan satu sama lain, sehingga dapat dibentuk model prediksi yang lebih akurat.

Beberapa analisis yang dapat dilakukan pada data jaringan kanker, antara lain, penggabungan dengan data omics dapat melakukan stratifikasi fitur paling relevan, digabungkan dengan data profil dapat dilakukan clustering untuk melihat kedekatan profil atau subtype paling relevan, digabung dengan jaringan obat dapat membuat model prediksi respon terhadap satu jenis obat. Kesimpulan yang dinyatakan; bahwa jaringan kanker merupakan jaringan kompleks yang melibatkan berbagai fitur dan proses molekular, dengan integrasi data molekular dapat membantu memodelkan kompleksitas tersebut, dan model komputasional tersebut diharapkan dapat berperan dalam pengambilan keputusan pada precision medicine.

Acara diakhiri dengan diskusi dan tanya-jawab. Pak Wisnu, menutup webinar dengan mengutip ayat terakhir pada qur’an surat Fushilat ayat 53.